Sólo Exchange 2003 podrá ser ejecutado sin problemas en Windows Server 2003. Aparte de Exchange 2000, tampoco Internet Information Services 5.0 puede ser ejecutado en Windows Server 2003, en tanto que SQL Server sólo puede ser ejecutado con la ayuda de un paquete de servicio (SP3).
Consultado por la publicación Computer Reseller News, un distribuidor de Microsoft señaló que Habría sido tanto mejor si hubiéramos podido conservar Exchange 2000 al usar Windows Server 2003. Recordemos que fue posible conservar Exchange 5.5 cuando tuvimos que actualizar de Windows NT a Windows 2000.
En respuesta a lo anterior, un portavoz de Microsoft señaló a CRN que las considerables mejoras a las funciones de seguridad, copias de respaldo y almacenamiento introducidas en Windows Server 2003 hicieron que fuera impracticable incluir soporte para Exchange 2000 en el nuevo sistema operativo para servidores.
CRN comenta que la carencia de compatibilidad retroactiva de Windows Server 2003 sin duda también ocasionará molestias entre los usuarios de Exchange 5.5, que adquirieron derechos de actualización a Exchange 2000.