Aunque organizaciones de protección de la libertad civil y la privacidad, entre otras, han pedido que se revele el código fuente del sistema, el FBI se ha negado a dicha petición argumentando que, en caso de hacerlo, se estaría permitiendo que cualquier experto desarrollase técnicas para burlarlo.
A pesar de que el FBI ha afirmado que Carnivore es un sistema bien enfocado que ha sido usado solamente en algunos casos, al que no tienen acceso ni el Estado ni la policía local; tanto organizaciones como representantes del congreso y público en general desconfían del uso del sistema.
El programa Carnivore representa un gran peligro y una invasión sin precedentes a la privacidad en línea, dijo a Wired un congresista republicano, quien exigió un pronunciamiento oficial del propio Presidente Bill Clinton.
Por otra parte, la agencia declaró que la creación del sistema se debió a que en muchas ocasiones los proveedores de servicios de Internet no eran capaces o no deseaban proporcionar la información, agregando que los proveedores de servicios de Internet no están obligados a instalar Carnivore en sus servidores.
