En 1992 y 1993, Hanssen se introdujo abiertamente en la computadora de la oficina del agente Raymond Mislock, quien era jefe de la sección para operaciones de contrainteligencia contra Rusia. De acuerdo a la información, algunos oficiales de inteligencia señalaron que Hanssen no intentó ocultar la penetración, más bien dejó que la vulnerabilidad de la computadora atrajera la atención del FBI, la cual desconectó inmediatamente algunos sistemas que almacenaban información clasificada.
Por su parte, the Washington Post informó que Hassen podría programar en C y Pascal, y que creó un sistema para automatizar el teletipo de la oficina del FBI en Washington.
Hassen es acusado de entregar información secreta a Rusia durante quince años, a cambio de más de $1.4 millones en efectivo y diamantes.