Intel y Google avanzan en la investigaci贸n biom茅dica

Como resultado de una colaboraci贸n en curso con Intel y Google Cloud para acelerar la investigaci贸n gen贸mica, el Instituto Broad del MIT y Harvard ha optimizado sus flujos de trabajo para instancias r谩pidas y rentables de Google N1 y N2.

En comparaci贸n con el despliegue inicial de las cargas de trabajo en Google Cloud, la colaboraci贸n dio como resultado una reducci贸n del 85% en el coste del procesamiento de datos tras la optimizaci贸n.

Para adaptarse a un aumento espectacular de la generaci贸n de datos gen贸micos y de la demanda de investigaci贸n computacional, el Instituto Broad migr贸 sus cargas de trabajo a las instancias de Google Cloud N2. Mediante la modularizaci贸n de sus flujos de trabajo de canalizaci贸n, el dimensionamiento adecuado de las instancias en la nube en funci贸n de las necesidades de la carga de trabajo y la optimizaci贸n para los procesadores Intel庐 Xeon庐 Scalable, los usuarios del Instituto Broad pueden ejecutar sus flujos de trabajo de gen贸mica en Google Cloud aproximadamente un 25% m谩s r谩pido y a un coste un 34% menor mediante la implementaci贸n en instancias N2 con procesadores Xeon Scalable.

Intel mantiene una colaboraci贸n con el Instituto Broad desde 2017, ayudando a optimizar los pipelines del instituto y el Genome Analysis Toolkit (GATK) con las bibliotecas de Intel, incluida la Intel庐 Genomics Kernel Library. Juntos, tambi茅n gestionan el Centro Intel-Broad para la Ingenier铆a de Datos Gen贸micos, un proyecto que permite a los investigadores e ingenieros de software de todo el mundo construir, optimizar y compartir ampliamente nuevas herramientas e infraestructuras que ayuden a los cient铆ficos a integrar y procesar datos gen贸micos.

Intel ha colaborado con el Instituto Broad para ayudar a optimizar sus pipelines en Google Cloud. Por ejemplo, los kernels espec铆ficos del Genome Analytics Toolkit est谩n optimizados para operaciones vectoriales con Intel庐 Advanced Vector Extensions 512 (Intel庐 AVX-512). Algunas funciones de almacenamiento optimizadas utilizan la Intel庐 Intelligent Storage Acceleration Library (Intel庐 ISA-L).

Con el objetivo de hacer realidad una visi贸n m谩s amplia del ecosistema de las ciencias de la vida, el Instituto Broad, Microsoft y Verily desarrollaron conjuntamente la plataforma Terra, una plataforma escalable y segura para que los investigadores biom茅dicos de todo el mundo puedan acceder a los datos, ejecutar herramientas de an谩lisis y colaborar. Terra est谩 construida sobre una infraestructura en la nube, lo que permite al Instituto Broad escalar f谩cilmente y dotar a la comunidad investigadora de nuevas capacidades en beneficio de la investigaci贸n de soluciones para las enfermedades humanas.

La gen贸mica ha cambiado la forma en que se realiza la ciencia biol贸gica

Con la ayuda de Intel y Google Cloud, el Instituto Broad est谩 a la vanguardia de la innovaci贸n, permitiendo y ayudando a acelerar la investigaci贸n gen贸mica. Al migrar a la nube y optimizar las cargas de trabajo para las instancias de Google Cloud, el Instituto Broad resolvi贸 sus desaf铆os de capacidad de almacenamiento y capacidad computacional de manera escalable y con visi贸n de futuro. La construcci贸n conjunta de la plataforma Terra permiti贸 al Instituto Broad potenciar no s贸lo a sus equipos de investigaci贸n, sino a los cient铆ficos de todo el mundo, para que pudieran aprovechar estas herramientas y conductos optimizados, y habilitar un ecosistema de datos federado que abre muchas posibilidades nuevas e interesantes para la investigaci贸n biom茅dica.

“Sab铆amos que la nube permitir铆a un nivel totalmente nuevo de federaci贸n de datos y colaboraci贸n, y que podr铆amos trabajar con otros para crear un ecosistema de datos basado en la nube, en el que los investigadores podr铆an combinar sus flujos de trabajo en m谩s de los datos que generaron con otros conjuntos de datos en experimentos computacionales m谩s ricos y potentes”, dijo Geraldine Van der Auwera, directora de divulgaci贸n y comunicaciones de la Plataforma de Ciencias de los Datos del Instituto Broad del MIT y Harvard.

Fotograf铆a: Intel Press



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